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抗击疫情新突破!AI诊断疑似病例基因分析缩短至半小时
2020/2/3 10:01:00   阿里云      关键字:疫情 AI诊断 基因分析      浏览量:
据悉,浙江此次启用的全基因组检测分析平台可对病毒样本进行全基因组序列分析比对,能够有效防止病毒变异产生的漏检,并将原需数小时的全基因分析流程减少到半小时,大幅提高病例的确诊速度和准确率。
  针对新型冠状病毒感染的肺炎病例,2月1日,浙江省疾病预防控制中心启用自动化的全基因组检测分析平台,平台由浙江省疾病预防控制中心、阿里达摩院医疗AI团队和杰毅生物技术公司共同研发。通过AI诊断技术,可将原来数小时的疑似病例基因分析缩短至半小时。

  浙江省疾病预防控制中心微生物检验所博士孙逸介绍,快速、精确诊断对于当前的疫情控制尤为重要。新型冠状病毒是基因组序列最长的病毒之一,快速检测其基因组“全貌”非常困难,而临床精准诊断又比较依赖这种基因信息。

  专家指出,目前全国大部分医疗机构和疾控部门,普遍采用核酸检测方法来筛查病例,只能检测到病毒基因的局部。一旦病毒发生变异,可能出现漏检的情况。

  据悉,浙江此次启用的全基因组检测分析平台可对病毒样本进行全基因组序列分析比对,能够有效防止病毒变异产生的漏检,并将原需数小时的全基因分析流程减少到半小时,大幅提高病例的确诊速度和准确率。

  具体来说,基于杰毅生物的新型设备,可以将患者样本核酸提取、建库和纯化步骤可以在2小时内无人值守的完成;在基因分析阶段,阿里巴巴达摩院针对新型冠状病毒推出了多个算法模型。在序列比对过程中,达摩院对算法增加了分布式设计,有效提升比对效率;在病毒序列拼接阶段使用分布式设计的deBruijn图算法,变异病毒也能精准检测。

  “该平台基于阿里云的强大算力与达摩院新算法可以为病毒的解析提供支撑,基于该平台,未来还可以在短时间内将检测范围覆盖尽可能多的确诊病例,也为后续疫苗与药物研发打下坚实基础。”孙逸说。

  目前有6个确诊病例样本,正在通过该平台进行基因组序列的测定与分析。截至小编发稿前,这些样本中检测到的新型冠状病毒与最早在武汉确诊病人身上发现的病毒基因组序列高度同源。
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